Für den Betrieb von RailControl sind einige wenige Einstellungen nötig, die das Verhalten von RailControl beeinflussen.
Im Hauptbildschirm kann man über das Icon 
zur Konfiguration der Zentralen gelangen:
Sprache
Es kann die Sprache eingestellt werden. Alle Texte werden in der eingestellten Sprache ausgegeben.
Standard Schaltzeit (ms)
Die Magnetartikel müssen nach dem eigentlichen Schaltvorgang wieder ausgeschaltet werden. Bei neueren Magnetartikeln reichen dazu 100ms, ältere und trägere Magnetartikel erfordern machmal 250ms. Manche Zentralen schalten selbständig mit einem dort konfigurierten Wert wieder aus, dann kann hier 0ms angegeben werden.
Füge unbekannte Rückmelder automatisch hinzu
Die meisten Zentralen liefern die Information über betätigte Rückmelder ohne dass diese in RailControl konfiguriert wurden. RailControl kann diese Information nutzen um die Rückmelder automatisch zu konfigurieren.
Schalte Strom aus bei Rückmelder in freiem Gleis
Wenn diese Option gewählt ist schaltet RailControl den Strom aus und blockiert das Gleis wenn ein Rückmelder des Gleises betätigt wird, obwohl kein Zug in dem Gleis erwartet wird.
Wähle Fahrstrasse nach
Im Automatikbetrieb muss RailControl bei mehreren möglichen Fahrstrassen eine auswählen. Dabei kann nach verschiedenen Konzepten vorgegangen werden. Fahrstrassen die aktuell in Benutzung sind werden nie gewählt.
Egal: Die zu wählende Fahrstrasse ist egal. Es wird meistens dieselbe Fahrstrasse gewählt.
Zufall: Die Fahrstrasse wird aktiv nach Zufall gewählt.
Kürzestes Gleis: Es wird die Fahrstrasse mit dem kürzesten Ziel-Gleis gewählt.
Am längsten ungenutzt: Es wird die am längsten nicht genutzte Fahrstrasse gewählt.
Anzahl der zu reservierenden Fahrstrassen
Die Anzahl der Fahrstrassen, die im Automatikbetrieb reserviert werden. Wenn nur eine Fahrstrasse reserviert wird, stoppt der Zug am Ende jeder Fahrstrasse.
Log Level
Der Level mit dem Aktionen aufgezeichnet werden.
Fehler: Es werden nur schwerwiegende Fehler aufgezeichnet.
Warnung: Es werden zusätzlich Warnungen aufgezeichnet, die eine ordentliche Ausführung von RailControl höchstwahrscheinlich verunmöglichen.
Informationen: Es werden alle wichtigen Aktionen aufgezeichnet. Diese Einstellung ist empfohlen.
Entkäfern: Es werden alle Aktionen aufgezeichnet. Insbesondere für die Fehlersuche ist diese Einstellung sinnvoll.