Im Hauptbildschirm kann man über das Icon 
zur Konfiguration der Zentralen gelangen:
Im obigen Beispiel ist bereits eine Zentrale mit dem Namen "Meine Zentrale" angelegt worden.
Unten gibt es einen Butten "Neu", damit kann eine weitere Zentrale angelegt werden.
Üblicherweise ist pro Modelleisenbahn lediglich eine Zentrale vorhanden und zu erfassen. Bei grossen Anlagen können auch mehrere Zentralen erfasst werden, so dass die Steuerung der Lokomotiven, der Zubehörartikel und der Rückmelder getrennt werden kann.
RailControl unterstützt zur Zeit folgende Zentralen:
| Hersteller | Zentrale |
| Arduino | DCC-EX (ehemals DCC++EX bzw. DCC++) |
| CAN-Digital-Bahn | CC-Schnitte 2.1 |
| Digikejis | DR5000 |
| ESU | ECoS/Central Station Reloaded |
| Fleischmann | Fleischmann Twin-Center |
| LDT | HSI-88 RS232 |
| KM-1 | System Control 7 |
| Märklin | Central Station 2/3 mit TCP (neu) |
| Märklin | Central Station 2/3 mit UDP (alt) |
| Märklin | Interface 6050/6051 |
| OpenDCC | OpenDCC Z1 |
| Roco | Z21/z21 |
| Tams | MasterControl |
| Tams | MasterControl 2 |
| Tams | RedBox |
| Uhlenbrock | Adapter 63120 |
| Uhlenbrock | Adapter 63820 |
| Uhlenbrock | Intellibox |
| Uhlenbrock | Intellibox II |